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临床上还有一种情况，有部分难治性胃食管反流病（GERD）患者是被误诊为GERD的患者。
临床上，被误诊为GERD的常见病因包括功能性烧心、反流高敏感、食管动力障碍性疾病（如贲门失弛缓）、嗜酸性食管炎以及其他原因导致的食管炎。高分辨率食管压力测定、pH阻抗监测、内镜及活检病理检查、胃排空测定等有助于明确病因。
食管动力性疾病可通过高分辨率食管压力测定明确，内镜及活检有助于鉴别嗜酸性食管炎和其他原因食管炎。功能性烧心和食管高敏感、非糜烂性食管炎要仔细辨别。除关注pH阻抗监测结果中的异常酸暴露时间（AET）、反流事件次数外，里昂共识提出两个新的指标，即反流后吞咽诱发蠕动波指数（PSPWI）以及夜间平均基线阻抗（MNBI）。
PSPWI需要人工计算，可反映食管清除能力，指数越低则食管清除能力越差。
MNBI则反映食管黏膜完整性，降低提示黏膜完整性受损。
研究显示，PSPWI可较好地鉴别糜烂性食管炎（EE）、非糜烂性食管炎（NERD）以及功能性烧心，敏感性高达99%~100%，特异性达92%。另一项回顾性研究发现，难治性GERD患者PSPWI显著低于治愈的食管炎及NERD患者。
烧心患者如经检查排除EE、NERD、嗜酸粒细胞性食管炎等可能后，pH阻抗监测发现症状反流相关性阳性的诊断为反流高敏感，阴性的可诊断为功能性烧心。
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