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mNGS在肺真菌病诊断中的应用|进阶技巧

2023-06-24作者：论坛报木易资讯

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1. mNGS用于真菌检测的优势与劣势

近年来，mNGS在感染性疾病诊断中的应用不断增多，因其具备一定的优势：① 不需要培养，节省时间；② 相较于传统方法（G/GM试验）可以精确区分物种，甚至亚型，特异性高；③ 在某些类型真菌的检测敏感性高于传统方法，如曲霉；④ 无需假设，可覆盖罕见真菌和其他类型病原体；⑤ 可检测真菌的耐药基因。但mNGS也有一定的劣势：① 对采样要求较高，需要有效采集真菌感染的病灶部位；② 真菌细胞壁厚（如曲霉），或有坚固荚膜（如隐球菌），破壁困难，核酸不易释放，可造成假阴性；③ 在实验流程中（比如建库）容易引入环境真菌或试剂中真菌核酸（如灰绿曲霉）的污染，造成假阳性；④ 真菌基因组数据库不全，很多真菌缺乏全基因组数据（识别不出），且在公开的数据库中真菌序列经常存在人源序列的污染（识别错误）。

所以，mNGS检测真菌时需要注意：最佳检测标本是BALF；在技术上改进破壁技术；合理去除人源背景，提高病原体的检出率；完善真菌基因数据库。

2. mNGS的真菌检测结果的解读

mNGS检测结果回报后，如何判读？

（1）对检出的病原体分类：① 高等级的致病性真菌：如曲霉、肺孢子菌、马尔尼菲篮状菌、新生隐球菌，在大部分样本中都可能是病原体。② 中等级的条件致病菌：如念珠菌属，在外周血、脑脊液、穿刺液等无菌体液样本中可能是病原体。③ 低等级的条件致病菌：如念珠菌，痰液、BALF、尿液等大部分样本中可能是共生菌，只在少数情况下如侵入操作后的脑脊液/外周血样本、感染性心内膜炎的赘生物中可能致病。④ 疑似背景微生物引起的感染：在某些感染样本中能与低等级的条件致病菌相互转化，需要结合患者传统微生物学检查结果及临床特征进行判断。

（2）结合临床判读结果：① 阳性结果的判读：a. 若mNGS结果阳性且符合临床表现和其他实验室检查，推荐根据mNGS结果指导临床决策。b. 若mNGS结果阳性且符合临床表现，但缺乏其他实验室证据，应进行PCR验证，并完善传统实验室检查加以验证。c. 若mNGS结果阳性，但临床表现或实验室检查结果不支持，应以传统实验室检查结果为首要临床参考依据。② 在阴性结果的判读中：真阴性，排除感染；假阴性，根据其他辅助检查结果高度提示感染可能，建议再次重复mNGS检测。

3. mNGS在真菌感染诊断中的价值

目前，分子生物学（PCR、mNGS）已经在临床实践中广泛应用，其中PCR在曲霉和念珠菌感染病理标本中有确诊价值。对于真菌感染的分子生物学检测，目前国内外只认可PCR；不论曲霉还是念珠菌，如果组织标本的PCR阳性均属于确诊依据；而血清、BALF的PCR检测阳性只能作为曲霉的临床诊断依据。

mNGS在我国刚刚普及，正在累积经验，可以作为辅助诊断的指标，尚不能作为病原学的确诊依据。mNGS为临床提供了一种具有很高敏感性和特异性的病原微生物检测方法，具有划时代意义。此外，mNGS不应该用于普通感染患者，而应在疑难、危重、特殊感染患者中使用，目前不倡导将其用于疗效随访和耐药性检测。临床中应重点关注mNGS报告的正确解读，要做到小心谨慎，结合临床，综合评估。

作者：刘雅欣

单位：哈尔滨医科大学附属第二医院呼吸与危重症医学科

来源：重症肺言《肺真菌病的精准诊治》

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