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碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌(CRE)在全球的迅速传播导致了患者治疗失败和高死亡率。2015年,美国食品与药物管理局(FDA)批准头孢他啶/阿维巴坦 (CZA) 用于治疗因产碳青霉烯酶(KPC)肺炎克雷伯菌所致的复杂性感染。然而,在初步取得令人满意的结果后,与头孢他啶/阿维巴坦耐药有关的菌株也随之出现,其中突出的耐药机制有KPC及其突变体的产生,其他的可能机制包括渗透性增加和外排泵的改变。
为了探究细菌对CZA耐药的潜在机制,研究者收集了罗马的6家医院在2019年1月至2020年1月间对CZA耐药的76株CRE菌株,其中一些对CZA天然耐药。
将筛选出的CZA耐药菌株,在Ion Torrent GSS5平台上对基因组DNA进行测序,并且从全基因组测序的数据中提取抗生素耐药基因。结果显示,在76株中有45株产金属酶,对CZA是天然耐药;剩余的31株CZA耐药株都是产KPC的肺炎克雷伯菌,另外,在这31例患者中有8例患者在治疗开始之前分离出CZA敏感的KPC-Kp菌株。
通过对39株KPC-Kp进行全基因组分型显示,29株KPC-Kp属于ST512,7株属于ST307,3株属于ST101。根据cgMLST结果,菌株被划分为5群(CT-1到CT-5)。CT-1(19株)和CT-2(6株)全部属于ST512,CT-3(3株)属于ST101,CT-4(4株)和CT-5(2株)全部被划分为ST307,另外5株菌株不属于任何组。
全部39株菌均能检测到blaKPC基因,其中32株菌株该基因作为单一耐药决定因子,而在7株菌中则与blaCTX-M-15共同存在,并且这7株菌都属于ST307。
该团队发现有5株带有野生型KPC-3酶菌株也是对CZA耐药,之前有相关文献表明孔蛋白缺乏可能会导致KPC-Kp对CZA的敏感性降低,因此该团队进一步分析了孔蛋白基因,但并未观察到两种主要的膜孔蛋白突变(ompK35和ompK36孔蛋白基因)的显著差异,表明可能还有其他机制参与其中。据推测,耐药性很可能是由于blaKPC基因的表达性增加结合膜渗透性降低导致的,但是他们并未对blaKPC基因的表达进行评估,这也是该实验局限性之处。
总之,该团队的发现说明,在携带不同KPC突变的肺炎克雷伯菌不同克隆中,可能出现对CZA产生耐药的分子复杂性,凸显出我们在分子水平上进行密切监测的重要性,以防止多重耐药突变株的传播。
文章首发自血流感染细菌监测BRICS
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