营养不良降低机体免疫、影响抗菌治疗效果、延缓疾病恢复；长期使用激素、移植后长期使用免疫抑制剂、粒细胞缺乏症等患者，不但容易发生各种机会性感染，而且临床表现不典型、病原学诊断困难，因此抗菌治疗也更困难。笔者从事肺部感染临床近三十年，对一些营养不良的慢阻肺反复急性加重患者印象尤为深刻，即使抗菌药物不断升阶梯，每天补充蛋白、不定期输血浆等支持治疗，咳痰不畅、呼吸困难依然得不到显著改善，痰标本培养结果不断变迁，后来每天增加 20% 脂肪乳后症状很快改善，痰标本培养结果也更容易转阴，说明保证充足的热卡有时较使用抗菌药物更有效。

微 生 物 标 本 检 出 的 临 床 分 离 菌（clinicalisolates）不等于感染责任菌（pathogens）。非无菌部位的微生物标本检验结果，尤其是痰、创面分泌物等，会受到人体内大量正常菌群和条件致病菌（定植菌和过路菌）污染，需慎重解读检测结果。然而，无菌标本如血培养、脑脊液（CSF）培养等同样会被各种耐药菌污染，尤其在 ICU、老年病区等医疗环境中各种耐药菌常驻科室。由于临床医生高度认可无菌标本培养阳性结果，更容易误用超广谱抗菌药物。血培养的污染除了来源于皮肤定植菌外，更多与采集血标本的方法有关， CSF 标本也是如此。经常发现血或 CSF 培养检出全耐药鲍曼不动杆菌或泛耐药肺炎克雷伯菌等革兰阴性杆菌，没有使用针对性有效抗菌药物，患者转归也较良好，说明采集标本时受到了污染。笔者通过临床跟踪调查发现，经血管内留置针三通肝素帽采样是污染的重要来源，该处潮湿的环境非常适合环境耐药菌生长繁殖，应该避免通过肝素帽采集血标本，也应避免通过腰大池引流管或脑室外引流管放 CSF 送细菌培养。根据笔者经验，对于无菌体液检出高度耐药革兰阴性杆菌病例，立即随同护士一起严格消毒后规范采集外周静脉血或经腰穿留置新鲜 CSF 重新送检，次日如果没有生长即提示之前的培养结果为污染所致，可避免不必要的抗菌药物误用。无菌吸痰管从气管插管深处吸取分泌物检出的阳性结果常被临床医生认为是感染责任菌。事实上，笔者在 2006 年之前就发现，下呼吸道标本不管如何获取，如果检出泛耐药鲍曼不动杆菌或念珠菌基本上无临床意义，其只不过是感染灶中的伴随菌（satelite microbe）而已，真正的感染责任菌常因已使用抗菌药物的影响难以检出，而且发现菌株的耐药性越高，其致病力越弱、越容易在医疗环境中生存（提示环境适应能力强），以上发现目前已被越来越多的研究所证实。国内很多报道替加环素治疗所谓的泛耐药鲍曼不动杆菌肺部感染（下呼吸道标本检出该菌株病例）有效，但荟萃分析最终表明替加环素用药与感染转归无明显相关性。下呼吸道标本检出耐碳青霉烯肠杆菌科菌（CRE）、嗜麦芽窄食单胞菌、洋葱伯克霍德菌等是否存在相似情况，有待进一步的临床随访和研究证实。

医疗环境常驻的耐药菌随着抗菌药物的选择压力，其耐药性越来越高，对环境的适应能力越来越强。虽然耐药菌的致病力相对于敏感野生菌整体上要弱很多，但一旦侵入无菌部位发生感染，抗菌药物的选择更困难，更不容易治愈，因此医院感染的防控对控制耐药菌的传播非常关键，需要高度重视。

影响感染预后和抗菌药物治疗效果的因素还有很多。胸水压迫致肺膨胀不全继发感染患者，胸腔积液持续引流、拍背、复张肺组织是关键；浮肿或少尿时过度利尿会导致细小支气管腔分泌物更加黏稠不易排出，因此液体管理很重要；炎症指标是评估抗菌治疗早期反应的可靠证据，影像学征象表明吸收往往滞后，要避免不必要的升阶梯和抗菌药物疗程过长；及时识别肠腔内艰难梭菌感染（抗生素相关性肠炎），尽早停用广谱抗菌药物是治疗基础；血液透析及连续肾脏替代疗法 (CRRT) 时得注意抗菌药物的有效药物浓度和给药间隔的调整；阴道感染须注意祛除病因，如停用广谱抗菌药物、控制糖尿病等，治疗期间避免性生活，性传播疾病夫妻同治等。