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2024年4月9日，复旦大学附属肿瘤医院的邵志敏教授、江一舟教授、胡欣教授领衔的研究团队，系统性地构建了迄今为止最为全面的乳腺癌基因组变异互作网络，并功能性解析基因组变异互作对乳腺癌治疗结局的影响。
本研究成果突破既往关注单一基因组变异的研究局限，能更好地预测患者的治疗效果，有望给乳腺癌精准治疗带来新的突破。相关研究成果在国际顶级学术期刊《癌细胞》（Cancer Cell）上发表，影响因子：50.3分。
精准治疗新视角，基因组变异互作网络构建
随着测序技术在临床上的广泛应用和对肿瘤基因组认知的深化，乳腺癌的精准治疗已经取得了显著的进展。尤其是在特定基因组变异的患者群体中，治疗效果得到了显著提升。
据悉，针对ERBB2扩增的乳腺癌患者，抗HER2靶向药物的使用显著改善了预后；而对于胚系BRCA1/2基因变异的患者，靶向DNA损伤修复通路的PARP抑制剂显著降低了复发转移的风险。
复旦大学附属肿瘤医院乳腺外科主任兼大外科主任邵志敏教授指出，目前这种关注单一基因组变异靶点用药的治疗方式存在明显的局限性，亟需进一步突破研究瓶颈。即使具有相同的基因组变异靶标，不同患者的疗效仍有显著的个体差异，且一部分患者从治疗开始便出现了对靶向治疗的耐药。
研究团队成员、复旦大学附属肿瘤医院副院长江一舟教授认为，要突破当前精准治疗的局限，除了关注单一的基因组变异靶点，还需要深入理解多个基因组变异之间的相互作用。
基因组变异互作，包括基因组变异的共现和互斥两种形式，是近年来肿瘤基因组领域的研究热点。研究团队通过深入分析乳腺癌患者的基因组数据，系统性地构建了一个全面的乳腺癌基因组变异互作网络。
“这一网络不仅包括了已知的经典事件，如TP53突变与MYC拷贝数扩增的共现关系以及PIK3CA突变和AKT1突变的互斥现象；同时，该网络还揭示了新的基因组变异互作关系，如TP53突变与MYB拷贝数扩增的共现等。这些发现不仅丰富了我们对乳腺癌基因组特征的理解，更为乳腺癌的精准治疗提供了新的策略和视角。”复旦大学附属肿瘤医院精准治疗中心副主任胡欣教授说。
精准治疗新突破，基因组变异互作指导治疗方案决策
研究团队通过对基因组变异互作事件的功能性解析，发现了一些具有重要临床意义的事件。例如，约4.9%的腔面型乳腺癌患者携带TP53突变-AURKA拷贝数扩增的共现，这会导致患者对他莫昔芬治疗产生抵抗；而约4.6%的三阴性乳腺癌患者存在胚系BRCA1突变-MYC拷贝数扩增的共现，这会使患者对PARP抑制剂更加敏感。此外，还有大约7.3%的三阴性乳腺癌患者携带TP53突变-MYB拷贝数扩增的共现，这会影响患者对免疫治疗的反应。
这些发现为临床医生提供了更准确的治疗效果预测工具，从而能够为患者制定更加个性化的治疗方案。重要的是，研究人员发现后两个共现事件在三阴性乳腺癌不同的“复旦分型”的亚型里发生频率不同，主要发生于基底样免疫抑制（BLIS）亚型，进一步验证了BLIS亚型基因组不稳定及免疫微环境抑制的生物学特征。因此，本项研究也从基因组变异互作的角度进一步拓展了三阴性乳腺癌“复旦分型”的内涵。
精准治疗新机遇，靶向测序平台助力研究成果临床落地
复旦大学附属肿瘤医院联合国家人类基因组南方中心建立了复旦大学附属肿瘤医院精准肿瘤中心，并在此框架下建立了一套高效、规范的基因组靶向测序平台。该平台已经成功完成了对超过1万例乳腺癌病例的精确检测，为乳腺癌患者精准治疗的实施提供了重要支持。
值得一提的是，该基因组靶向测序平台不仅有效降低了乳腺癌患者接受精准治疗的门槛，也为科研成果向临床应用转化搭建了桥梁。而本项研究的成果也得以借助该基因组靶向测序平台反哺临床实践。临床医生及研究人员可基于基因组靶向测序的结果获取患者基因组变异互作状态，从而更好地指导癌患者的精准治疗。
复旦大学附属肿瘤医院乳腺外科主任兼大外科主任邵志敏教授强调，本项研究通过对乳腺癌基因组学数据的深入分析，系统性解析了乳腺癌基因组变异互作对患者治疗效果的影响。本项研究成果是复旦肿瘤乳腺癌精准诊疗体系的又一重要成果，为乳腺癌精准治疗策略的优化升级提供了重要的依据和支持。
该论文的共同第一作者分别为林偲进、金希、马丁、陈超和欧阳洋，通讯作者为邵志敏教授、江一舟研究员和胡欣研究员。
通讯员丨复旦大学附属肿瘤医院 钟轩
编辑整理丨中国医学论坛报 黄琳琳
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