1. 萋-尼抗酸染色和显微镜检查：该方法采用萋-尼抗酸染色液对临床标本涂片染色后，用普通光学显微镜或发光二极管显微镜进行观察。

2. 荧光染色和显微镜检查：该方法利用金胺“O”染料对抗酸杆菌进行染色。该方法阅片时间较短，一般为1~3 min，可减轻工作强度。荧光染色后的标本要立即观察，否则应将玻片标本置于2~8 ℃黑暗中以减少淬灭对结果的影响。结果分级报告标准见表1。

涂片镜检法适用于多种临床样本，同时具备操作简单、检测迅速、对硬件设施要求不高等优点，但该方法敏感度较低，特别是儿童、艾滋病与肺外结核病患者，且不能区分菌体的死活，无法开展后续的药物敏感性试验；不能区分结核分枝杆菌（MTB）和非结核分枝杆菌（NTM），以及诺卡菌属、孢子菌属等可导致抗酸染色阳性的病原菌，检测结果阳性还需进一步明确，行分子生物学检测及分枝杆菌培养菌种鉴定。

针对有临床症状、胸部影像支持结核改变，且涂片镜检法抗酸杆菌阳性，分子生物学检测支持结核诊断的患者，应及早予规范抗结核治疗。

作为结核病诊断金标准，分枝杆菌培养是结核病诊治的重要检测手段。通过培养获得的菌株可用于后续的药敏检测、基因测序、进化分析等。目前培养方法分为固体培养和液体培养，最低检出限约为10~100 CFU/ml。液体培养基中促结核分枝杆菌复合体MTBC生长的营养因子更为丰富，因此培养阳性率比固体培养高约10%，且检测时限更短（约14 d），但同时污染率也升高。

无论液体培养还是固体培养，培养物都需要经过抗酸染色证实。抗酸阳性标本可以通过胶体金方法检测结核抗原—结核分枝杆菌蛋白64（MPT64）、荧光定量扩增结核特异基因检测、基质辅助激光解析电离时间飞行质谱检测或对硝基苯甲酸生长试验法（PNB）进一步区分MTBC和NTM。

当结核分枝杆菌培养阳性时提示，需尽早予规范抗结核治疗，同时追踪药敏结果，指导治疗方案，并可作为疗效评估指标，在治疗过程中需要定期进行痰分枝杆菌培养。

MTBC感染机体后生长繁殖，产生代谢产物，刺激免疫系统产生特异性抗体，检测这些抗体有助于结核病的诊断。但该方法特异度与灵敏度均较差，近年来已不推荐作为结核病的实验室检查方法。

近年用于结核病辅助诊断的新型免疫学方法，通过MTBC特异抗原（主要为早期分泌性抗原靶6和培养滤液蛋白10，也有的试剂包括TB7.7.）刺激T淋巴细胞释放γ干扰素来检测是否存在结核感染。与TST相比，IGRA阳性结果可排除卡介苗接种及大部分NTM造成的假阳性，但均不能区分潜伏感染（LTBI）与活动性结核，只能提示患者体内存在结核感染。

用于辅助诊断活动性结核病时，IGRA须结合影像学、病原学、临床症状等综合分析，不能作为单独或是决定性的诊断结核病的确诊依据，也不能根据阳性检测数值判断结核病病情及评估疗效。IGRA阴性结果可以考虑排除结核病的诊断，尤其是在结核病高发地区、免疫功能正常人群，但也需要注意假阴性的可能。

除了辅助结核病的诊断，IGRA也广泛用于在高危人群排除活动性结核病后定义潜伏感染，指导结核病预防性治疗。如HIV/AIDS、实体器官移植、硅肺、慢性肾功能衰竭/透析、激素、生物制剂应用等患者，LTBI活化为活动性结核病的概率增加。对上述人群除了排除活动性结核病外，还应进行IGRA的检测或监测，必要时采用抗结核药物预防活动性结核病。

Xpert MTB/RIF基于半巢式PCR反应，通过荧光标记探针检测信号，扩增rpoB基因上的利福平耐药决定区域（81 bp）。该方法通过超声裂解和微流体技术将核酸提取、扩增及检测集成在一个反应盒，整个过程在封闭系统中完成，可进行标本直接检测，具有快捷性、易操作性和安全性。该方法具有较高的检测敏感度和特异度，最低检测限约为131 CFU/ml。WHO建议对于怀疑肺结核感染的成人和儿童、MDR-TB感染或HIV共感染人群，Xpert MTB/RIF应作为初始检测。对肺外结核，Xpert MTB/RIF检测淋巴结和脑脊液效果良好。在利福平耐药性检测性能上，Xpert MTB/RIF敏感度和特异度为95%和98%。

可用于临床标本和培养物中分枝杆菌菌种鉴定以及利福平和异烟肼耐药突变检测。线性探针分析(LPA)具有高检测通量的优势，以培养法为基础，使用线性探针检测培养物的敏感度＞95%，对利福平和异烟肼耐药性检测敏感度约为97%和85%。

该类技术敏感度高、仪器要求低，易实现POCT化。主要包括环介导等温扩增（LAMP）、交叉引物恒温扩增（CPA）等。CPA检测位点为MTBC的IS6110。通过特异性扩增引物、荧光探针以及链置换特性的DNA聚合酶，在恒定温度条件下一次性完成MTBC检测。恒温扩增技术可用于结核病RNA检测。